Ish-kryetari i KGB-së së RSFSR-së Viktor Ivanenko vdiq. Ai ishte i vetmi person që mbajti këtë post. Gjate kohes se tij, komiteti u shpërbë dhe në vend të tij u krijua Agjencia Federale e Sigurisë. Gjenerali premtoi të ridrejtojë strukturën nga hetimi politik në luftën kundër krimit të organizuar.
Në Bashkimin Sovjetik, Rusia, ndryshe nga republikat e tjera, nuk kishte Komitetin e saj të Sigurimit të Shtetit. Organizata u krijua pasi republika miratoi një deklaratë të sovranitetit në 1990. Kështu, Ivanenko u bë kreu i parë i shërbimeve të pavarura të inteligjencës ruse të periudhës post-sovjetike. Kandidatura e tij u miratua nga presidenti i ardhshëm Boris Jelcin.
Gjatë puçit të gushtit, Ivanenko foli kundër GKChP. Gjenerali mori pjesë aktive në shtypjen e grushtit të shtetit dhe mori pjesë personalisht në arrestimin e ish-udhëheqësit të tij, kryetarit të KGB-së Sovjetike, Vladimir Kryuchkov. Megjithatë, ai pretendoi se e kishte bindur Jelcinin të mbronte ndërtesën e KGB-së në Lubyanka nga sulmet e demonstruesve pro-demokracisë. Pas kësaj, në gradën e ministrit, ai drejtoi Agjencinë Federale të Sigurisë, të krijuar në bazë të KGB-së Sovjetike, duke u bërë drejtori i parë i saj.
Në këtë pozicion, Ivanenko premtoi të ndalojë hetimin politik dhe të fokusohet në luftën kundër krimit të organizuar. Ai premtoi të krijojë bashkëpunim me agjencitë e inteligjencës perëndimore dhe të demokratizojë agjencinë. Por ai kundërshtoi likuidimin e saj, bashkimin me Ministrinë e Punëve të Brendshme dhe lustrimin e punonjësve.
Në 1992, ai u shkarkua nga shërbimi pas një konflikti me Yeltsin, ishte nënkryetar i Yukos, këshilltar i Ministrit të Taksave dhe Detyrave Georgy Boos, nënkryetar i Fondit të Zhvillimit të Parlamentarizmit, kryetar i bordit të drejtorëve të Tregtisë së Arktikut dhe Kompania e Transportit.